文献类型： 中文期刊

作者： 晁哲 ¹ ; 任钰为 ¹ ; 孙瑞萍 ¹ ; 魏立民 ¹ ; 刘海隆 ¹ ; 邢漫萍 ¹ ; 黄丽丽 ¹ ; 王峰 ¹ ;

作者机构： 1.海南省农业科学院畜牧兽医研究所海南省热带动物繁育与疫病研究重点实验室

关键词： 海南黑山羊;努比亚山羊;背最长肌;基因;长链非编码核糖核酸;靶基因

期刊名称： 黑龙江畜牧兽医

ISSN： 1004-7034

年卷期： 2023 年 005 期

页码： 51-55,134

收录情况： 北大核心

摘要： 为了鉴定和分析海南黑山羊与其F1代杂交羊（努比亚山羊公羊与海南黑山羊母羊杂交）背最长肌中差异表达的mRNA和lncRNA,试验以6月龄海南黑山羊及其F1代杂交羊公羊为试验动物，逐头采集背最长肌样品，采用RNA-Seq技术和生物信息学方法对两种山羊背最长肌进行转录组测序分析，运用DESeq软件鉴定两种山羊背最长肌组织间差异表达的mRNA和lncRNA,对差异表达基因进行GO功能注释、KEGG信号通路富集分析，同时对差异表达的lncRNA进行靶基因预测分析。结果表明：海南黑山羊及其F1代杂交羊背最长肌间存在276个差异表达的mRNA,其中1个mRNA只在海南黑山羊背最长肌中表达，2个mRNA只在F1代杂交羊背最长肌中表达；在273个共同表达的mRNA中，根据差异倍数大小，排名前10位的分别是NDUFB5、TMEM237、LOC102170968、TXLNB、GPR63、OSBPL1A、KERA、LOC108638040、BMF、HSP70.1。存在145个差异表达的lncRNA,其中16个只在海南黑山羊背最长肌中表达，7个只在F1代杂交羊背最长肌中表达。276个差异表达基因共富集在50个GO功能条目上，主要包括生物学过程、细胞组分和分子功能，富集的KEGG信号通路主要包括PI3K-AKI、细胞因子与细胞因子受体相互作用、趋化因子、MAPK和黏着斑信号通路。获得197个差异表达lncRNA顺式作用靶基因和142个差异表达lncRNA反式作用靶基因。说明海南黑山羊及其F1代杂交羊背最长肌具有不同表达水平的mRNA和lncRNA,两种山羊肌肉组织中均存在特异性表达的mRNA和lncRNA。