文献类型: 中文期刊
作者: 张庆玲 1 ; 任钰为 1 ; 孙瑞萍 1 ; 刘海隆 1 ; 王峰 1 ; 李丹丹 2 ; 晁哲 1 ;
作者机构: 1.海南省农业科学院畜牧兽医研究所/海南省热带动物繁育与疫病研究重点实验室
2.海口海关技术中心
关键词: 五指山猪;背最长肌;半腱肌;全基因组;甲基化
期刊名称: 畜牧与兽医
ISSN:
年卷期: 2023 年 006 期
页码: 16-22
收录情况: 北大核心
摘要: 为了研究五指山猪背最长肌与半腱肌的遗传差异,鉴定差异甲基化区域(DMRs)和差异甲基化基因(DMGs),采用全基因组重亚硫酸盐测序技术(WGBS)对五指山猪背最长肌和半腱肌进行DNA甲基化水平检测和DMRs分析,对DMGs进行基因本体(GO)功能、京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,并与已有的转录组数据进行整合分析,探讨基因组甲基化对基因表达差异的影响。结果显示:五指山猪背最长肌和半腱肌全基因组范围内胞嘧啶甲基化主要发生在CG序列上;在CG序列环境下,启动子和第一外显子区域的甲基化水平低于其他基因区域,该环境下五指山猪背最长肌和半腱肌间存在348 613个DMRs和17 484个DMGs, DMGs主要富集到61个GO条目和289个KEGG通路;在五指山猪背最长肌和半腱肌mRNA差异表达前10位的基因中,锌指结构家族成员4(ZIC4)、锌指结构家族成员1(ZIC1)、成对同源异型结构域蛋白转录因子1(PITX1)、碱性-螺旋-环-螺旋转录因子1(SIM1)、小清蛋白(PVALB)、SEC14类脂质结合因子5(SEC14L5)、丝氨酸蛋白酶抑制剂B家族成员11(SERPINB11)、肌球蛋白结合蛋白H (MYBPH)这8个基因存在DMRs, 5个基因(ZIC4、PITX1、SIM1、SEC14L5、MYBPH)存在启动子区甲基化差异。本研究为阐明五指山猪骨骼肌生长发育机制提供表观遗传学依据。
- 相关文献
[1]五指山猪肌肉组织lncRNA和mRNA的鉴定与分析. 晁哲,王林杰,吴望军,孙瑞萍,刘海隆,郑心力. 2020
[2]五指山猪背最长肌和半腱肌DNA甲基化检测分析. 晁哲,孙瑞萍,刘海隆,邢漫萍,郑心力. 2020
[3]海南黑山羊及其F1代杂交羊背最长肌转录组测序比较分析. 晁哲,任钰为,孙瑞萍,魏立民,刘海隆,邢漫萍,黄丽丽,王峰. 2023
[4]海南五指山猪TLR2基因克隆及生物信息学分析. 张艳,黄丽丽,刘海隆,林哲敏,谭树义. 2017
[5]五指山猪IGF-1基因部分序列的SNP分析. 王峰,孙瑞萍,魏立民,郑心力,张艳. 2010
[6]浅谈五指山猪保种现状、存在问题及对策. 黄丽丽. 2007
[7]海南五指山猪Myf5与MyoD基因多态性分析. 吴淑疆,晁哲. 2015
[8]海南五指山猪生长发育性能测定研究. 王峰,魏立民,郑心力,孙瑞萍. 2009
[9]海南五指山猪FUT2基因SNP检测及生物信息学分析. 晁哲,孙瑞萍,刘海隆,黄丽丽,郑心力,王峰. 2017
[10]海南五指山猪生长发育性能测定试验. 王峰,魏立民,郑心力,孙瑞萍. 2009
[11]海南地方猪POU1F1基因多态性与体质量的相关性. 孙瑞萍,魏立民,郑心力,刘圈伟,黄丽丽,晁哲,王峰. 2012
[12]五指山猪FUT1基因SNP检测及生物信息学分析. 晁哲,王峰,黄丽丽,刘海隆,孙瑞萍,郑心力. 2015
[13]海南原产地五指山猪生理生化指标测定. 孙瑞萍,王峰,魏立民,刘圈伟,郑心力. 2011
[14]MC4R基因多态性在海南地方猪中的分布. 晁哲,魏立民,孙瑞萍,刘海隆,刘圈炜,王峰,郑心力. 2014
[15]五指山猪IGF2基因5'调控区单核苷酸多态性分析. 常怀普,欧江涛,钟金城,王希龙,郭春华,宾石玉,马志杰. 2007
[16]雌激素受体基因多态性在海南地方猪中的分布. 叶玉秀,孙瑞萍,刘海隆,晁哲. 2016
[17]转Bt玉米对生长期五指山猪血清生化指标及相关酶含量的影响. 刘圈炜,谭树义,孙哲,张宏福,杨晓光. 2013
[18]海南五指山猪Myf5基因克隆与序列分析. 晁哲,王峰,魏立民,孙瑞萍,黄丽丽,郑心力. 2014
[19]海南原产地五指山猪资源保护与开发利用. 孙瑞萍,魏立民,晁哲,王峰. 2015
[20]地衣芽孢杆菌对断奶五指山猪生产性能、血清生化指标及免疫指标的影响. 魏立民,刘圈炜,刘海隆,郑心力,王峰. 2017
作者其他论文 更多>>
-
姜黄素对海南屯昌猪生长性能、饲料养分表观消化率和血清生化指标的影响
作者:欧阳坤;魏立民;孙瑞萍;解娅立;齐琪;李想;刘圈炜;晁哲;张永亮;陈婷
关键词:姜黄素;海南屯昌猪;生长性能;表观消化率;血清生化指标
-
植物源miR156a-5p对五指山断奶仔猪肠道菌群和上皮屏障的影响
作者:王奕;孙瑞萍;彭永佳;姜涵晨;马飞;张瑾;黎梦
关键词:植物源miRNA;断奶仔猪;肠道菌群;肠道屏障
-
五指山猪与临高猪杂交利用效果研究
作者:王峰;孙瑞萍;晁哲;刘海隆;刘圈炜
关键词:
-
恒河猴源大肠杆菌的分离鉴定及耐药性和致病性
作者:徐文星;安微;王乃福;王绥家;王建华;刘忠梅;晁哲;王昱;高慎阳;李丹丹;徐国锋
关键词:恒河猴;大肠杆菌;分离鉴定;耐药性;血清型;致病性
-
海南黑山羊及其F1代杂交羊背最长肌转录组测序比较分析
作者:晁哲;任钰为;孙瑞萍;魏立民;刘海隆;邢漫萍;黄丽丽;王峰
关键词:海南黑山羊;努比亚山羊;背最长肌;基因;长链非编码核糖核酸;靶基因
-
海南黑山羊与其F1代杂交羊皮下脂肪转录组测序比较分析
作者:晁哲;任钰为;孙瑞萍;魏立民;刘海隆;邢漫萍;黄丽丽;郑心力
关键词:海南黑山羊;皮下脂肪;基因;信使RNA;长链非编码RNA
-
定安猪保种及改良现状调查
作者:宋延霞;倪世恒;王峰;何帅涵;王余北;董柠其;方美英
关键词:定安猪;保种;改良;繁殖性能;生长性能;毛色