文献类型: 中文期刊
作者: 张会永 1 ; 李国辉 1 ; 薛倩 1 ; 周成浩 1 ; 殷建玫 1 ; 苏一军 1 ; 夏树立 2 ; 韩威 1 ;
作者机构: 1.江苏省家禽科学研究所
2.天津市农业科学院畜牧兽医研究所
关键词: 大围山微型鸡;简化基因组测序(RAD-Seq);遗传进化
期刊名称: 中国畜牧兽医
ISSN: 1671-7236
年卷期: 2022 年 49 卷 004 期
页码: 1393-1401
收录情况: 北大核心
摘要: [目的]在分子水平上探讨大围山微型鸡的遗传进化.[方法]以大围山微型鸡与其他18个地方鸡品种及2个国外引进品种为研究对象,每个品种选取公鸡10只,母鸡20只,采血,提取全基因组DNA,进行简化基因组测序(RAD-Seq),鉴定21个品种基因组SNP,计算大围山微型鸡遗传统计量,分析遗传多样性和遗传结构、筛选受选择基因并进行功能富集分析.[结果]在大围山微型鸡群体中鉴定出331 892个SNPs.大围山微型鸡的平均杂合度(Ho)为0.219、核苷酸多样度(Pi)为0.245,近交系数(Fis)为0.107,与其他18个地方鸡种相比遗传多样性呈中度多态.聚类分析发现,大围山微型鸡与瓢鸡、茶花鸡和藏鸡聚为一类,亲缘关系较近,且与瓢鸡的群体分化指数(F.st)最低(0.0929),亲缘关系最近,与河南斗鸡的Fst最高(0.2179),亲缘关系最远.共筛选出200个受选择基因.GO分析结果显示,这些受选择基因主要富集在运动、刺激应答、信号传导等生物学过程;KEGG分析结果表明,这些受选择基因主要富集在代谢、肌动蛋白细胞骨架的调节、MAPK等信号通路.[结论]大围山微型鸡遗传多样性呈中度多态,与瓢鸡亲缘关系最近,本研究筛选出了 200个受到选择的基因,这些基因在代谢、信号传导、颅骨发育等多个方面发挥作用.
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