文献类型： 中文期刊

作者： 张真真 ¹ ; 蒋礼玲 ¹ ; 李婉炘 ¹ ; 王谨凡 ¹ ; 贾举庆 ¹ ; 黄胜雄 ¹ ;

作者机构： 1.合肥工业大学食品与生物工程学院;青海大学农林科学院;山西农业大学农学院

关键词： 内参基因;扩展青霉菌;RNA-seq数据;实时定量聚合酶链式反应(PCR);稳定性

期刊名称： 合肥工业大学学报(自然科学版)

ISSN： 1003-5060

年卷期： 2023 年 02 期

页码： 261-267

收录情况： 北大核心

摘要： 实时定量聚合酶链式反应(polymerase chain reaction, PCR)技术因其高效且便捷的特点在基因表达检测中被广泛应用。实时定量PCR结果数据处理策略之一是使用内参基因进行基因表达数据的标准化。文章基于扩展青霉菌孢子不同生长阶段的RNA-seq数据，挖掘和注释了694个稳定表达的候选内参基因；随机挑选出Knr4、Isy1、Spt5、Nucb、Hp1、Hp2、Whth、Hp3、Gph3、Pwi、Taf4、Hp4、Asy、GTPase在内的14个基因，以4、25℃条件下PDB培养基生长6、12、24、36 h的扩展青霉菌为材料，进行实时定量PCR实验。实时定量PCR数据基于geNorm和NormFinder 2种软件的综合分析，表明Isy1、Spt5、Nucb、Hp1适合作为内参基因。以Isy1和Spt5分别作为内参基因，检测Gh30基因在4、25℃条件下扩展青霉菌生长发育过程中的基因表达，显示出一致的基因表达水平，进一步验证了挖掘得到的内参基因的可靠性。该研究为扩展青霉菌的分子生物学研究提供了优良的内参基因，同时提供了一种高效的内参基因的挖掘和鉴定方法。