文献类型： 中文期刊
作者： 张强 1 ; 赵小庆 2 ; 薄素玲 3 ; 曹艳娟 1 ; 苏文霞 1 ;
作者机构： 1.内蒙古农业大学理学院
2.内蒙古自治区农牧业科学院
3.内蒙古医科大学计算机信息学院
关键词： mRNA;内含子;局域比对;最佳匹配片段;G+C含量
期刊名称： 内蒙古大学学报(自然科学)
ISSN： 1000-1638
年卷期： 2020 年 004 期
页码： 384-391
收录情况： 北大核心 ; CSCD
摘要： UTR区中的内含子对基因的表达调控过程发挥着重要的作用,它通过与相应mRNA的序列匹配方式发生相互作用并实现对基因的表达调控.采用Smith-Waterman算法进行局域比对,获得UTR区中的内含子与相应mRNA序列之间的最佳匹配片段.分析6个物种mRNA序列上最佳匹配片段的序列特征及匹配频率的分布规律,并分析这种相互作用分布的普适性.结果发现:最佳匹配片段的配对率和平均长度分布与siRNA和miRNA的结合特征一致; UTR区中的内含子与相应mRNA序列上的UTR序列存在较强的相互作用,低GC片段倾向与3′UTR区作用,而高GC片段倾向结合到5′UTR区.结论表明最佳匹配片段的序列特征符合RNA-RNA相互作用的一般规律,内含子序列应该是一类调控基因表达的功能片段.UTR区中的内含子与mRNA序列是协同进化的,通过相互作用完成应有的功能.
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