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五指山猪肌肉组织lncRNA和mRNA的鉴定与分析

文献类型: 中文期刊

作者: 晁哲 1 , 2 , 3 ; 王林杰 1 , 2 , 3 ; 吴望军 1 , 2 , 3 ; 孙瑞萍 1 , 2 , 3 ; 刘海隆 1 , 2 , 3 ; 郑心力 1 , 2 , 3 ;

作者机构: 1.海南省农业科学院畜牧兽医研究所

2.四川农业大学动物科技学院

3.南京农业大学动物科技学院

关键词: 五指山猪;肌肉组织;长链非编码核糖核酸;靶基因;背最长肌;半腱肌

期刊名称: 黑龙江畜牧兽医

ISSN: 1004-7034

年卷期: 2020 年 07 期

页码: 16-20+26+157

收录情况: 北大核心

摘要: 为了鉴定和分析五指山猪背最长肌和半腱肌中差异表达的lncRNA和mRNA,试验以6月龄五指山猪阉割公猪为试验动物,在无菌状态下逐头采集背最长肌和半腱肌样品,采用RNA-Seq文库和生物信息学方法对五指山猪肌肉组织中的lncRNA和mRNA进行分析筛选,运用DESeq软件鉴定背最长肌和半腱肌中差异表达的lncRNA和mRNA,并对差异表达的lncRNA进行靶基因预测分析。结果表明:在五指山猪肌肉组织中共鉴定出4 086个lncRNA,其中正义型2 203个、反义型197个、内含子型130个、基因间型1 556个。对比测序获得的lncRNA和mRNA发现,lncRNA和mRNA的长度都主要分布在600~1 200 nt之间和3 000 nt以上。在背最长肌与半腱肌间,存在82个差异表达的mRNA,其中前10位分别为ZIC4、ZIC1、PITX1、SIM1、PVALB、SEC14L5、SERPINB11、PRXL2B、ZNF862、MYBPH;存在32个差异表达的lncRNA,其中2个仅在背最长肌中表达,1个仅在半腱肌中表达,29个在两种肌肉组织中共表达;获得差异表达的lncRNA靶基因共70个,包括顺式作用的靶基因和反式作用的靶基因。说明五指山猪背最长肌和半腱肌具有不同表达水平的lncRNA和mRNA,两种肌肉组织中均存在特异性表达的lncRNA。

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