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180日龄文昌鸡和隐性白羽克洛鸡基因结构及SNP分析

文献类型: 中文期刊

作者: 顾丽红 1 , 2 , 3 , 4 , 5 ; 刘志勇 1 , 2 , 3 , 4 , 5 ; 张细权 1 , 2 , 3 , 4 , 5 ; 邱峰芳 1 , 2 , 3 , 4 , 5 ; 邢增杨 1 , 2 , 3 , 4 , 5 ; 赵建国 1 , 2 , 3 , 4 , 5 ; 林哲敏 1 , 2 , 3 , 4 , 5 ;

作者机构: 1.海南省农业科学院畜牧兽医研究所

2.海南大学热带农林学院

3.华南农业大学

4.东华理工大学

5.文昌龙泉文昌鸡实业有限公司

关键词: 文昌鸡;RNA测序;可变剪接;单核苷酸多态性;新转录本

期刊名称: 畜牧与兽医

ISSN: 0529-5130

年卷期: 2019 年 03 期

页码: 7-15

收录情况: 北大核心

摘要: 采用生物信息学的方法对180日龄文昌鸡和隐性白羽克洛鸡RNA-Seq的94 614 632的Clean Reads进行了单核苷酸多态性(SNP)的查找、可变剪接筛查、基因结构优化和新转录本预测。结果共得到可靠的SNP位点220 308个,可变剪接56 119个,优化了21 633个基因,预测到1 235个新转录本。本研究结果能够进一步完善鸡基因组注释情况并丰富鸡SNP数据库和可变剪切数据库。

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