文献类型: 中文期刊
作者: 王娟 1 ; 马晓梅 1 ; 周小凤 1 ; 王新 1 ; 田琴 1 ; 李成奇 2 ; 董承光 1 ;
作者机构: 1.新疆农垦科学院棉花研究所/农业农村部西北内陆区棉花生物学与遗传育种重点实验室
2.运城学院生命科学系
关键词: 陆地棉;产量构成因素;全基因组关联分析;候选基因
期刊名称: 中国农业科学
ISSN: 0578-1752
年卷期: 2022 年 012 期
页码: 2265-2277
收录情况: 北大核心 ; CSCD
摘要: 【目的】对铃重、衣分、单株铃数和籽指等棉花产量构成因素性状进行全基因组关联分析(genome-wide association study,GWAS),发掘与其关联的标记位点、优异等位变异及候选基因,为棉花产量的分子育种提供理论依据。【方法】以408份陆地棉品种(系)资源为材料,利用Cotton SNP 80K芯片,对6个环境的铃重、衣分、单株铃数和籽指4个产量构成因素性状进行基于混合线性模型(mixed linear model,MLM)的全基因组关联分析,检测与产量构成因素性状显著关联的位点、优异等位变异;进一步依据转录组数据的基因表达量,在显著关联的位点侧翼序列1 Mb区间挖掘可能的候选基因。【结果】4个产量构成因素性状在不同环境下均表现出广泛的表型变异,其中,单株铃数变异系数最大为16.67%—22.66%,各性状的遗传率为48.4%—92.2%;除铃重与衣分间相关性不显著外,其他性状间均呈显著或极显著相关性;基于6个环境各性状表型数据的最佳线性无偏预测值(best linear unbiased prediction,BLUP),GWAS共检测到分布于基因组的7个区间内23个与目标性状关联的SNP位点,其中,与铃重关联的位点5个,与衣分关联的位点1个,与单株铃数关联的位点9个,与籽指关联的位点8个,有3个位点(TM21094、TM21102和TM57382)同时与多个目标性状关联;鉴定到7个最优SNP位点的优异等位变异,分别为TM21099(TT)、TM57382(GG)、TM78920(CC)、TM53448(TT)、TM59015(AA)、TM43412(GG)和TM69770(AA);利用转录组数据分析,在基因组的7个区间筛选到158个与产量形成可能的候选基因,GO富集分析和KEGG代谢途径分析发现,候选基因功能类别多样并参与了多种代谢途径。【结论】在陆地棉品种(系)群体中共鉴定到23个与产量构成因素性状关联的SNP位点,筛选到158个可能与产量性状相关的候选基因。
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