文献类型: 中文期刊
作者: 刘桂松 1 ; 郭昊淞 1 ; 潘涛 1 ; 王继华 2 ; 曹干 2 ;
作者机构: 1.光电信息与传感技术广东普通高校重点实验室
2.广东省农业科学院作物研究所
关键词: 转基因甘蔗育种筛查;Vis-NIR光谱;SG平滑;PCA-LDA;PCA-HCA
期刊名称: 光谱学与光谱分析
ISSN: 1000-0593
年卷期: 2014 年 34 卷 10 期
页码: 2701-2706
收录情况: EI ; SCI ; 北大核心 ; CSCD
摘要: 以Savitzky-Golay(SG)平滑筛选,主成分分析(PCA)分别结合有监督的线性判别分析(LDA)、无监督的系统聚类分析(HCA),应用于转基因甘蔗育种筛查的可见-近红外(Vis-NIR)无损检测。提出兼顾随机性、稳定性的定标、预测、检验框架;取田间种植处于伸长期甘蔗叶样品456个,具有Bt基因和Bar基因的转基因样品(阳)306个,非转基因样品(阴)150个;随机选取156个为检验集(阴性50、阳性106),余下为建模集(阴性100、阳性200,共300),建模集再随机划分为定标集(阴性50、阳性100,共150)、预测集(阴性50、阳性100,共150)共50次;扩充SG平滑点数,同时删除绝对值偏小的高阶导数模式,共264个平滑模式用于模型筛选;采用前3个主成分两两组合,再根据模型效果选出最优主成分组合;基于所有定标、预测集划分和SG平滑模式,建立SG-PCA-LDA和SG-PCA-HCA模型,根据平均预测效果优选参数,使模型具有稳定性;最后用检验集进行模型检验。经SG平滑后,PCA-LDA和PCA-HCA的建模精度、稳定性均显著改善;最优SG-PCA-LDA模型阳性、阴性样品检验识别率分别达到94.3%和96.0%;最优SG-PCA-HCA模型阳性、阴性样品检验识别率分别达到92.5%和98.0%。结果表明:Vis-NIR光谱模式识别结合SG平滑可用于转基因甘蔗叶的准确识别,提供了一种简便的转基因甘蔗育种筛查方法。
- 相关文献
[1]Vis-NIR Spectroscopic Pattern Recognition Combined with SG Smoothing Applied to Breed Screening of Transgenic Sugarcane. Liu Gui-song,Guo Hao-song,Pan Tao,Wang Ji-hua,Cao Gan. 2014
作者其他论文 更多>>
-
独脚金转录组特征分析
作者:张龙;蔡时可;孙金锴;梅瑜;王继华
关键词:独脚金;转录组;Unigenes;功能注释;简单重复序列(SSR)
-
UV-C处理穿心莲转录组分析及穿心莲内酯合成相关基因挖掘
作者:孙铭阳;徐世强;李静宇;顾艳;梅瑜;张闻婷;周芳;王继华
关键词:穿心莲;紫外线C(UV-C);转录组分析;穿心莲内酯;基因挖掘;可变剪切;蛋白互作
-
金毛狗转录组测序及生物信息学分析
作者:蔡时可;梅瑜;陈炜玲;史广生;李静宇;王继华
关键词:金毛狗;转录组;单基因簇;功能注释;简单重复序列(SSR)
-
穿心莲R2R3-MYB基因家族的鉴定与表达分析
作者:李静宇;孙铭阳;徐世强;孙伟;顾艳;梅瑜;王继华
关键词:穿心莲;R2R3-MYB基因家族;非生物胁迫;穿心莲内酯;功能预测
-
穿心莲茉莉酸甲酯及非生物胁迫下Real-time PCR内参基因的筛选
作者:李静宇;孙铭阳;徐世强;梅瑜;顾艳;周芳;孙伟;王继华
关键词:穿心莲;内参基因;实时荧光定量聚合酶链式反应
-
中草药DUS测试应用与进展
作者:梅瑜;蔡时可;王继华
关键词:中草药;测试指南;特异性;一致性;稳定性
-
大青转录组测序及生物信息学分析
作者:刘敏;黄炜忠;何孟璐;梅瑜;王继华
关键词:大青;萜类;黄酮;转录组;简单重复序列(SSR)